Instytut Kolejnictwa współpracuje z wieloma jednostkami notyfikowanymi tworząc ogólnoeuropejską sieć jednostek notyfikowanych. Sieć ta nosi nazwę:

• NB Rail
  NB Rail - organizacja jednostek notyfikowanych do Dyrektywy 2008/57/WE w sprawie interoperacyjności systemu kolei we Wspólnocie.

W ramach sieci współpracujemy współpracujemy m.in. z :

• Výzkumný Ústav Železniční, a.s. (VUZ) - Railway Research Institute, j.s.c.
• Registro Italiano Navale S.p.A.  RINA SPA
• SCIRO TÜV,
• TÜV NORD
  
• TÜV SÜD

w zakresie procesów oceny zgodności i związanych z tym badań.

Instytut Kolejnictwa należy do szeregu międzynarodowych organizacji i stowarzyszeń. Do najznamienitszych należą:

• Międzynarodowy Związek Kolei (UIC) – od 22 listopada 2001 roku jesteśmy członkiem afiliowanym UIC. IK uczestniczy w europejskich projektach badawczych finansowanych przez UIC i Unię Europejską. Specjaliści IK biorą czynny udział w pracach komitetów i grup projektowych UIC.
• Organizacja Współpracy Kolei (OSŻD) - od kwietnia 2002 roku IK jest członkiem stowarzyszonym OSŻD. Pozwala ono na uczestnictwo w pracach wszystkich Komisji Organizacji oraz udział w dorocznych posiedzeniach Konferencji Dyrektorów Generalnych OSŻD.
• Europejskie Zrzeszenie Transportowych Instytutów Badawczych (ECTRI - European Conference of Transport Research Institutes) - jesteśmy współczłonkiem wraz z ITS (Instytut Transportu Samochodowego). W kadencji 2009 - 2010 pracownik Instytutu Kolejnictwa perłnił funkcję wiceprzewodniczącego ECTRI.  W kadencji 2011 - 2012 jest członkiem zarządu.
  
• Europejska Rada Kolejowa (ERRAC) - European Rail Research Advisory Council
• Stowarzyszenie Europejska Sieć Doskonałości (EURNEX) - European Network of Excellence - Pracownik Instytutu Kolejnictwa jest wiceliderem w tzw. 4 Biegunie - "Metody Oceny Wyrobów", dotyczącym aspektów prawnych w kolejnictwie, metod dowodzenia, procedur i stanowisk testowe, procesu dopuszczania wyrobów kolejowych (np. procedury wzajemnego uznawania).
• Europejskie Forum dotyczące Przejazdów Kolejowych (ELCF) - European Level Crossing Forum - organizacja skupiająca badaczy i praktyków związanych z problematyką zapewnienia bezpieczeństwa na skrzyżowaniach w poziomie tory czyli tzw. przejazdach kolejowych.

W ramach współpracy pomiędzy instytutami naukowymi, nawiązaliśmy ścisłą współpracę z następującymi jednostkami:

• Rosja - WNIIŻT :
  
  • "Научно-Исследовательский Институт Железнодорожного Транспорта" «ВНИИЖТ» - Ogólnorosyjski Insytut Naukowo Badawczy Kolejnictwa w Moskwie
• Węgry:
  • MÁV Központi Felépítményvizsgáló Kft. (MÁVKFV) - Central Rail and Track Inspection Ltd.
• Czechy:
  • Výzkumný Ústav Železniční, a.s. (VUZ) - Railway Research Institute, j.s.c.
• Włochy:
  • Registro Italiano Navale S.p.A.  RINA SPA

W ramach współpracy z uczelniami z zza granicy współpracujemy m.in. z :

• Słowacja:
  • Žilinská Univerzita (ŽU) - University of Žilina

• Hiszpania:
  
  • Universitat Politècnica de Catalunya BarcelonaTech (Technical University of Catalonia - UPC) - Politechnika w Barcelonie

• Ukraina:
  • Дніпропетровський Державний Технічний Університет Залізничного Транспорту (ДІІТ) - Dnepropetrovsk State Technical University of Railway Transport (DIIT)
  • Державний економіко-технологічний університет транспорту (ДЕТУТ) - State Economy and Technology University of Transport  (DETUT)
• Rosja:
  • Петербургский государственный университет путей сообщения (Пгупс)